João Travassos e “Antoninho” Carreiro fundaram o Santa Clara em 1922 com o nome Santa Clara Foot-ball Club, mas o pontapé de saída oficial do clube deu-se cinco anos mais tarde, frente ao União Micaelense, precisamente no dia 20 de novembro de 1927. O clube, nesta data, passou a designar-se de Clube Desportivo Santa Clara.

Em 2010, o Clube Desportivo Santa Clara dá um passo importante para a sua subsistência, criando uma Sociedade Anónima Desportiva (SAD), sendo Mário Batista o presidente da mesma. Aliviar os problemas financeiros e amortizar a dívida do clube, foram as causas que levaram à criação de uma SAD, detendo a maioria do capital. Recorde-se que o Santa Clara foi a primeira formação a ter uma SAD nos Açores.